اعمال معافیت و یا نرخ صفر برای مؤسسات خیریه و عام‌المنفعه، در صورت انجام تکالیف قانونی توسط اشخاص مذکور از جمله تسلیم اظهارنامه، ارائه اسناد و مدارک درخواست تعیین ناظر در موعد مقرر، در فرایند رسیدگی جاری خواهد بود.
در بخشنامه ابلاغی سازمان امور مالیاتی کشور آمده است: چنانچه اشخاص مذکور، نسبت به انجام تکالیف قانونی خود از جمله تسلیم اظهارنامه، دفاتر و یا اسناد و مدارک و درخواست تعیین ناظر در موعد مقرر اقدام نموده باشند، عدم انتخاب ناظر و یا عدم ارائه گزارش از سوی ناظر، مانع از اعمال معافیت و یا نرخ صفر موضوع‌بند (ط) و تبصره (۱) ماده (۱۳۹) قانون مالیات‌های مستقیم در فرایند رسیدگی نخواهد بود.
گفتنی است بند (ط) و تبصره (۱) ماده (۱۳۹) قانون مالیات‌های مستقیم بدین شرح است:
بند (ط) - کمک‌ها و هدایای دریافتی نقدی و غیرنقدی مؤسسات خیریه و عام‌المنفعه که به ثبت رسیده‌اند، مشروط بر آن که به‌موجب اساسنامه آنها صرف امور مذکور در بند (ح) این ماده شود و سازمان امور مالیاتی کشور بر درآمد و هزینه آنها نظارت کند، از پرداخت مالیات معاف است.
تبصره (۱) - وجوهی که از فعالیت‌های غیرانتفاعی و به‌منظور پیشبرد اهداف و وظایف اشخاص موضوع این ماده از راه برگزاری دوره‌های آموزشی، سمینارها، نشر کتاب و نشریه‌های دوره‌ای و... در چارچوب اساسنامه آنها تحصیل می‌شود و سازمان امور مالیاتی کشور بر درآمد و هزینه آنها نظارت می‌کند، از پرداخت مالیات معاف است.